Hạm đội 3 Hoa Kỳ được giao phó một số nhiệm vụ và trách nhiệm. Nhiệm vụ hàng đầu của Hạm đội 3 là ngăn chận xung đột, nhưng trong trường hợp chiến tranh toàn diện, hạm đội sẽ tiến hành các cuộc hành quân chiến đấu lâu dài và tức thời trên biển để thi hành chiến lược của Hạm đội Thái Bình Dương trên chiến trường. Các cuộc hành quân như thế sẽ được thực hiện ngay ở tuyền phương và vào đầu một cuộc xung đột để thi hành nhiệm vụ thời chiến hàng đầu của mình là—bảo vệ biển phía tây dẫn đến Hoa Kỳ, bao gồm Alaska và quần đảo Aleut.

Ngoài ra, Tư lệnh Hạm đội 3 được chỉ định trước như một Tư lệnh của Lực lượng Đặc nhiệm Hỗn hợp (Joint Task Force). Trong tư cách đó, Tư lệnh và ban tham mưu của ông có thể được giao trách nhiệm tư lệnh các lực lượng hỗn hợp Hoa Kỳ được triển khai để đối phó với một sự kiện đặc biệt hay một trường hợp bất ngờ. Trong trường hợp như thế, Tư lệnh của Lực lượng Đặc nhiệm Hỗn hợp sẽ báo cáo qua hệ thống chỉ huy hỗn hợp đến một Tư lệnh thống nhứt. Tổng Tư lệnh của Bộ tư lệnh Thái Bình Dương Hoa Kỳ là Tư lệnh thống nhất tại mặt trận Thái Bình Dương.

Trong thời bình, Hạm đội 3 tiếp tục đào tạo lực lượng Hải quân và Thủy quân lục chiến cho sứ mệnh chiến tranh viễn chinh. Để tiếp tục với khái niệm chiến lược của Bộ Hải quân "Tiến về phía trước...từ biển," các lực lượng này cung ứng sự phản ứng tức thời và linh động cần thiết để đối phó lại bất cứ một cuộc khủng hoảng nào đang xảy ra từ nhiệm vụ nhân đạo và gìn giữ hòa bình đến các cuộc xung đột vùng chính yếu.